1996-2004: Héctor & Tito

Se unió a Efraín Fines Nevares (más conocido como Tito "El Bambino") y formó el dúo Héctor & Tito. Participaron previamente en Little Boys From Da Underground 2 en 1995 con la canción «Vengo a matar», y al ver la química decidieron formar el dúo. Luego de esto participaron en variadas producciones de 1996 como No Fear 1 de DJ Dicky.

En 1997, lanzaron el tema «Mataron un inocente» del álbum El cartel: los intocables de Daddy Yankee.​ Lanzaron su primer álbum Violencia musical en el 1998. Como dúo ambos captaron la atención del mundo e hicieron del reguetón un género popular, ganando premios como el Premio de Música Latina Billboard al álbum de rap latino del año por su álbum A la reconquista.

Héctor en esos años fue el productor ejecutivo de dos álbumes externos: The Last Don de Don Omar, publicado en 2003, y Los Bacatranes de Trébol Clan, publicado en junio de 2004. En el álbum también estuvo presente en las canciones «No le temas a él» junto a Tito el Bambino, «Gata fiera» junto a Joan, entre otras. Meses después del lanzamiento de Los Bacatranes, el dúo Héctor y Tito anunció su separación, y cada uno de ellos continuó con sus carreras por separado.​ Según Tito, la separación fue decidida hace meses, pero decidieron esperar a cumplir sus contratos y acuerdos de conciertos antes de dar el anuncio.

A pesar de su separación, tuvieron un reencuentro en septiembre de 2005, estando presente en el concierto solista de Tito en el Centro de Bellas Artes Luis A. Ferré, donde interpretaron de manera improvisada un par de canciones